Conselho para os Assuntos Económicos
- Este Conselho, para além do Reitor, é composto por três elementos nomeados pelo Senhor Bispo de Setúbal, com um mandato de cinco anos.
- Tem como principal função ajudar o Reitor nas deliberações e decisões dentro das suas competências.
- Os assuntos que ultrapassam a competência do Reitor e respectivo Conselho, são apresentados ao Bispo diocesano.
Conselho Pastoral
- Órgão a criar brevemente, tendo como função a ajuda ao Reitor na dinamização pastoral e espiritual do Santuário.
- Será composto pelo Reitor, Capelão, um elemento da Congregação Religiosa que trabalha no Santuário e quatro leigos ligados aos principais movimentos eclesiais presentes na Diocese de Setúbal.
Gabinete Técnico
- Este serviço é composto pelo Reitor do Santuário, dois arquitectos e um engenheiro civil.
- A principal função deste Gabinete é ajudar o Reitor nas decisões a tomar referentes à construção de infra-estruturas, bem como outros projectos que possam envolver o Santuário, nomeadamente pareceres pedidos pela Câmara Municipal de Almada.